À la fin août 1991, les trois États baltes devinrent indépendants. Leur territoire et les troupes soviétiques qui y stationnaient avaient naturellement été compris dans le traité FCE et il s’agissait maintenant de s’adapter à la situation nouvelle.

Les Baltes ne tenaient pas du tout à devenir parties au traité, ce qui arrangeait bien les signataires qui ne voulaient, ni ne pouvaient, amender le texte (ne serait-ce que par l’inclusion de nouveaux membres) avant que celui-ci ne soit entré en vigueur. Un gros retard à cet égard était intervenu, on s’en souvient, en raison de l’interprétation contestée des obligations du traité par l’URSS, et de dures négociations s’en étaient suivies afin de remettre de l’ordre dans la maison. Un accord fut finalement trouvé à ce sujet en automne 1991, et l’on profita d’un engagement complémentaire de l’URSS (déclaration du 18 octobre 1991) pour entériner sous forme de déclaration du président la reconnaissance du fait que « la zone d’application définie par l’article II du traité ne comprend pas les territoires de l’Estonie, de la Lettonie et de la Lituanie ».

En même temps, dans sa déclaration écrite, l’URSS s’engagea à soumettre à toutes les dispositions du traité (y compris aux réductions) « tous les armements et équipements classiques (…) présents le ou après le 19 novembre 1990 ⁽¹⁾ sur les territoires de l’Estonie, de la Lettonie et de la Lituanie ».